اجرای برنامه‌های ویندوز در لینوکس دیگر فقط به استفاده از نرم‌افزارهای جایگزین محدود نیست. با ابزارهایی مانند Wine و Bottles می‌توانید بعضی برنامه‌های ویندوزی را مستقیماً در محیط لینوکس اجرا کنید و برای نرم‌افزارهایی که به سازگاری کامل‌تری نیاز دارند، از ماشین مجازی ویندوز کمک بگیرید. انتخاب روش مناسب به نوع برنامه، سخت‌افزار و میزان سازگاری موردنیاز شما بستگی دارد.