اجرای برنامه‌های ویندوز در لینوکس دیگر فقط به استفاده از نرم‌افزارهای جایگزین محدود نیست. با ابزارهایی مانند Wine و Bottles می‌توانید بعضی برنامه‌های ویندوزی را مستقیماً در محیط لینوکس اجرا کنید و برای نرم‌افزارهایی که به سازگاری کامل‌تری نیاز دارند، از ماشین مجازی ویندوز کمک بگیرید. انتخاب روش مناسب به نوع برنامه، سخت‌افزار و میزان سازگاری موردنیاز شما بستگی دارد.

اگر به فکر مهاجرت از ویندوز به لینوکس هستید اما هنوز به چند برنامه ویندوزی نیاز دارید، انتخاب توزیع مناسب اهمیت زیادی دارد. Wine یک لایه سازگاری است که امکان اجرای بسیاری از برنامه‌های ویندوزی را در لینوکس فراهم می‌کند و برخلاف ماشین مجازی، ویندوز را به‌صورت کامل اجرا نمی‌کند؛ بلکه فراخوانی‌های Windows API را به معادل‌های قابل استفاده در لینوکس تبدیل می‌کند.

البته سازگاری Wine برای همه نرم‌افزارها یکسان نیست و بعضی برنامه‌ها به اجزای اختصاصی ویندوز وابستگی زیادی دارند. بنابراین علاوه بر خود Wine، ابزارهایی که هر توزیع برای مدیریت آن فراهم می‌کند نیز اهمیت دارد.