انتخاب فایل سیستم مناسب هنگام فرمت کردن فلش، هارد اکسترنال یا کارت حافظه اهمیت زیادی دارد. ممکن است یک درایو روی ویندوز بدون هیچ مشکلی کار کند، اما هنگام اتصال به مک، کنسول بازی، تلویزیون یا حتی ضبط خودرو با محدودیت مواجه شود. دلیل بسیاری از این تفاوت‌ها به فایل سیستمی برمی‌گردد که روی حافظه انتخاب کرده‌اید.
سه گزینه FAT32 و exFAT و NTFS از رایج‌ترین فایل سیستم‌هایی هستند که کاربران با آن‌ها مواجه می‌شوند. هیچ‌کدام از این سه گزینه را نمی‌توان به صورت مطلق بهترین دانست؛ زیرا هرکدام برای شرایط متفاوتی طراحی شده‌اند. FAT32 روی سازگاری گسترده تمرکز دارد، exFAT محدودیت حجم فایل FAT32 را برطرف می‌کند و NTFS امکانات پیشرفته‌تری را برای محیط ویندوز ارائه می‌دهد. مایکروسافت نیز تفاوت‌های مهمی مانند پشتیبانی از Journaling و قابلیت‌های امنیتی را میان این فایل سیستم‌ها ثبت کرده است.
